Občanské sdružení Přírodou.cz bylo založeno na počátku roku 2007 z potřeby zaštítit neformální činnost několika studentů provozujících internetový portál www.prirodou.cz. V současné době je hlavní náplní občanského sdružení Přírodou.cz tvorba a provoz elektronického atlasu rostlin, a webových aplikací zaměřených na biologii a ochranu přírody.

V roce 2009 se začalo sdružení zabývat i ekologickou výchovou.

Cílem Přírodou.cz, o.s. je popularizace biologický disciplín pomocí interaktivních aplikací i vlastních akcí.